人体消化道分为食管、胃、十二指肠、小肠、结肠和直肠。
多年来，上消化系疾病小肠检查认识不足，其主要原因是对人体小肠检查手段缺乏。肠胃是人体消化道最长的器官，成人小肠5~7米长，主要用于消化和吸收食物。具有内分泌、免疫、防御等功能，是人体重要器官之一。肠道走行弯曲，肠管相互重叠，再加上起病隐匿，症状特异性不强，病位深而不稳，因此对小肠疾病的诊断至今仍是一个难题。
但是由于其特殊的解剖学位置，远离口腔和肛门，较长的长度，并且与腹腔和肠系膜相结合，形成多个复合肠亚群，成为整个胃肠中最难检查的一部分。以往的检测方法灵敏度和特异性都比较低，所以很难诊断出小肠疾病。
肠镜检查方法包括小肠钡造影、核素显像、血管造影、胶囊内镜、双气囊小肠镜及 CT模拟内镜等，各种方法各有优缺点，合理综合运用，可以有效地诊断小肠疾病。
小肠钡剂造影：小肠钡剂造影可显示小肠疾病的部位、范围等，但阳性率较低。气钡双重造影法，特别是插管法小肠气钡双重造影，使对小肠出血性病变的诊断率提高10%~25%。小肠钡剂造影对血管性病变几乎没有任何诊断。
放射性核素显像：放射性核素显像为非创伤性检查，主要用于小肠出血的定位，其敏感性强于血管造影。其小肠活动性出血诊断阳性率为40%~50%，但有时会出现假阳性。
血管造影检查：肠病特别是消化道出血时，应选择血管造影术。此法是一种有效的诊断和治疗方法，仅需见对比剂外渗就可作出明确诊断，同时行栓塞治疗。但是这一检查受失血速度和检查时机的影响，必须在出血活跃期将造影剂注入出血部位的供血动脉才能成功。
胶囊内镜：胶囊内镜的问世，为小肠疾病的诊断带来了一次革新。胶囊内镜只有曲别针样大小，检查时患者只需像吞服药物胶囊一样吞服胶囊内镜，穿着数据记录仪背心。吞服胶囊后，经医生检测确认胶囊进入小肠后即可离开医院。整个检查过程需要8~10小时，检查后胶囊从肛门自行排出。胶囊内镜具有安全、无创、依从性好等特点，但其也具有不能进行病理检查和内镜下治疗的缺点。
双气囊内镜：双气囊式内镜可以弥补胶囊式内镜的不足，进一步提高小肠疾病的确诊率，对小肠出血、小肠梗阻、不明原因腹痛的确诊率高，是目前小肠疾病诊断的金标准。不足之处是检查时间长，病人痛苦大。由于双气囊内镜手术时间长、操作人员技术要求高、操作风险大，目前国内还没有完全普及。
CT仿真内镜：采用螺旋 CT薄层无间隔扫描及计算机三维重建，可获得与内窥镜相似的动态重建图像。局限在于无法观察到粘膜颜色的变化，无法区分表面的细微结构变化，无法进行活检和镜下治疗。
以上针对小肠的检查手段可以互相补充。尽管如此，目前小肠疾病仍是临床诊断和治疗的难点，小肠功能性疾病尚缺乏有效的检测手段。