男性不育主要是由精子或精液质量差，甚至少精子症、无精子症、死精子、畸形精子和精子液化引起的。收集完病史后，医生将进行下一步——体检。病史主要反映患者对自身病情的主观看法(包括许多客观事实)，而常规检查是指医生对男科体检信息和体征的客观收集。
一、一般发育状况
两上肢平后身高是否超过指尖距离，上下身体比例是否失衡，身体形态是否异常(瘦长，矮壮，女性体态，肥胖，脑心性肥胖)，这些体征大多反映内分泌或代谢状态是否存在问题。营养、肌肉(结实、虚弱)和皮肤状况(如痤疮、白斑、脂肪、紫色皮肤)；贫血、浮肿和色素沉着(位置和程度)；音调如何变化；毛发状况(阴毛、内脏毛、体毛和胡须厚而无，阴毛是直的还是弯曲的，正常与否)，发际线是否太低；喉结发达还是不明显；是否有乳房女性化或乳头分泌物。这些第二性征的发展可以间接反映性腺功能或雄激素水平。
二、生殖系统的发育状况
阴茎长度、周径，动起后长度(可用牵拉长度替代)、周径、有无弯曲;
外明表现：有无硬结、先天畸形(尿道上裂，尿道下裂，尿道口狭窄)，有无瘢痕、包茎、包皮过长、阴茎肿物，有无溃烂、触痛、炎症、海绵体触痛。
前列腺和精囊检查包括：质地、体积、结节、囊肿、硬结或索条、触痛、压痛、中央沟消失或变浅。
阴囊检查：透光试验、斜疝、象皮肿、温度、脂肪堆积、睾丸旁硬结、炎症、层管。阴囊肿物的硬度、囊状感、是否光滑、是否与周围组织粘连，平卧后是否消失、肿物来源。
三、头颈部
1、感官系统包括：色盲、色弱、视野、眼底、嗅觉减弱或缺失、眼球凸出。
2、头面部包括：中线畸形(如唇裂和跨裂)、秃顶、粘液水肿、肢端肥大症表现、酒渣鼻、甲状腺(给节与肿胀)、颈蹼。
四、其他部位
1、血压，脉搏，心律齐否，心脏有无杂音，肺部听诊有无阳性发现。
2、腹部、会阴部有无手术疲痕、腹部肿物、腹股沟淋巴结肿大、溃疡或疝。
3、骨骼：包括四肢长骨，掌、趾骨。